Parazity – priama diagnostika – dôkaz nukleovej kyseliny

Vyšetrenie pneumocystózy – Pneumocystis jirovecii, kvalitatívny dôkaz DNA

Charakteristika Pneumocystis jirovecii je uvedená v časti  vyššie (bronchoalveolárna laváž, spútum – Pneumocystis jirovecii). Diagnostika v našom laboratóriu sa okrem mikroskopického dôkazu parazita v BAL alebo indukovanom spúte opiera najmä o detekciu DNA parazita metódou PCR (real time PCR). Ide o extrémne citlivú a špecifickú metódu. Parazita možno dokázať i v odtlačkoch pľúc a na histologických rezoch. Okrem Pneumocystis jirovecii môžeme v spúte dokázať aj vajíčka Paragonimus spp., háčiky Echinococcus granulosus, larvy Ascaris lumbricoides a Strongyloides stercoralis, prvoky (Cryptosporidium sp., Entamoeba gingivalis, Trichomax tenax) a mikrosporídie, ktoré hľadáme v natívnom mikroskopickom preparáte pripravenom zo sedimentu upraveného spúta.

 

Vyšetrenie toxoplazmózy – Toxoplasma gondii, kvalitatívny dôkaz DNA

Infekcie vyvolané Toxoplasma gondii u imunokompromitovaných pacientov sú často progresívne a asociované so signifikantnou morbiditou a mortalitou. Sérologické testy často zlyhávajú a stanoviť diagnózu u pacientov s ovplyvnenou imunitou nie je jednoduché. Diagnóza u týchto pacientov je obyčajne suspektná na základe klinických a rádiologických údajov, pričom definitívna diagnóza je stanovená do 2 – 3 týždňov na základe regresie lézií po špecifickej liečbe. Sú síce možné i metódy priameho dôkazu, ako je izolácia parazita z niektorých klinických vzoriek vhodnými izolačnými technikami (inokulácia myší, kultivácia v tkanivových kultúrach), ale sú príliš zdĺhavé vzhľadom na nutnosť rýchleho nasadenia liečby. Preto boli vyvinuté najnovšie diagnostické metódy založené na polymerázovej reťazovej reakcii (PCR) – detekcii vysoko špecifických genómových sekvencií nukleotidov v nukleových kyselinách (opakovaním amplifikačných cyklov sa získa veľké množstvo rovnakých úsekov DNA - amplikónov), ktoré sa dajú s úspechom využiť v rutinnej i výskumnej diagnostike pôvodcu toxoplazmózy. PCR sa považuje za nenahraditeľnú v diagnostike toxoplazmózy u imunodeficientných pacientov s AIDS, transplantovaných pacientov a u ďalších imunokompromitovaných osôb,  niektorých typov očnej toxoplazmózy a v diagnostike kongenitálnej toxoplazmózy. Na diagnózu tejto infekcie bolo vyvinutých niekoľko PCR techník využívajúcich rôzne klinické vzorky (amniová tekutina, krv, cerebrospinálna tekutina, bronchoalveolárna laváž a tkanivová biopsia). Tieto techniky využívajú najkonzervovanejšie génové sekvencie medzi rôznymi  kmeňmi T. gondii, zahŕňajúc repetitívne sekvencie B1 génu, gén p30 (SAG1) a rDNA. Boli vyvinuté mnohé variácie metód, ktoré zlepšili citlivosť a špecifickosť. V našom laboratóriu používame jednoduchú PCR v kombinácii s hemi-nested PCR.